党政管理机构：

党委办公室

学院办公室、外事办公室

组织部、统战部

宣传部

纪委办公室、监察处

人事处

教务处

科技处

医院管理处

学生工作部（处）、团委

保卫处（武装部）

财务与资产管理处

审计处

离退休干部工作处

设备处

后勤基建处

工会

教学机构：

研究生学院

基础医学院

第一临床医学院、附属医院

第二临床医学院、附属松山湖医院

医学检验学院

护理学院

药学院

公共卫生学院

人文与管理学院

信息工程学院

继续教育学院

社会科学部

体育教学部

外语教学部

教辅机构：

图书馆

教育技术与信息中心

学报编辑部

实验动物中心

分析中心

研究机构：

广东天然药物研究与开发重点实验室

医学教育研究所

学校发展研究中心

其他：

东莞校区机关党委

湛江校区机关党委